Il treno è spesso il mezzo più veloce e comodo per spostarsi: i superveloci in partenza da Tokyo collegano le più importanti città, da Hakodate nell'Hokkaido, a nord, a Kagoshima nel Kyushu.
Per raggiungere città più vicine in poco tempo ci sono i treni espressi, mentre chi preferisce spendere poco ma ha tempo a disposizione può scegliere i treni locali. E per viaggiare in modo economico ci sono diversi pass.

In pullman

Viaggiare in pullman a lunga percorrenza è in genere più economico rispetto al treno, ma comodità e caratteristiche a bordo dipendono da quanto si è disposti a spendere. Il grande vantaggio dei pullman è che viaggiano di notte, permettendo così di risparmiare sul pernottamento: da Tokyo a Osaka, ad esempio, si impiegano otto o nove ore. Il terminal più grande di Tokyo è lo Shinjuku Expressway Bus Terminal, da dove partono i pullman per tutte le destinazioni.

In auto

Mettersi al volante a Tokyo può essere un'idea non molto allettante ma, una volta fuori città, il traffico si dirada e guidare diventa più facile. Noleggiare un'auto può essere una buona soluzione specialmente se si viaggia con la famiglia o in piccole comitive. Le autostrade in Giappone sono ben tenute e, anche se ci sono i pedaggi, l'auto può essere comunque il mezzo più conveniente per spostarsi. Prima di farlo, però, è necessario informarsi per conoscere il codice della strada giapponese e le procedure riguardo alla patente internazionale.

In aereo

Tokyo è collegata alle principali città anche da compagnie low cost molto convenienti in termini di prezzo e tempo, specialmente se la destinazione è lontana. Compagnie quali Skymark o le più grandi ANA e JALpropongono tariffe molto competitive.