善明寺では日本の伝統文化に触れることができます。鎌倉時代の建長5年(1253)に鋳造された鉄造の阿弥陀如来像があり、国重要文化財に指定されています。現在の善明寺の寺地は江戸中期の神学者・依田伊織の屋敷跡に建立されました。山門前の結界石に刻まれた「不許葷酒入門内」とは、匂いのきつい野菜や酒を寺内に持ち込むことを戒めるものです。墓地には、依田伊織や勤皇の志士西園寺実満の墓があり、都の旧跡に指定されています。
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